环境省和经产省作为日本推进循环型社会建设的两大主管部门，在推进循环型社会建设中也积极地相互配合，共同协作推进生态工业园区建设。
这两个部门的分工为：环境省对建立循环型社会起牵头作用。主要体现在制定《循环型社会推进基本法》，制定基本计划，并从如何减少和合理处置废弃物角度推进循环型社会建设，包括牵头制定实施“容器包装法”、“家电回收法”、“食品回收法”、“绿色采购法”、“废弃物处理法”等。
作为日本产业发展管理部门的经产省，也是日本政府推进循环型社会建设的主体管理部门之一。由于日本循环型社会建设相当一部分是依靠废弃物再生利用技术推进地区产业振兴和发展，所以经产省的产业技术局是推进循环型社会建设的直接主管部门。这个部门在环境保护方面的定位，一是提出扶持产业振兴的政策，支持其发展；二是做好环境与经济协调发展的工作。经产省推动循环型社会的主要措施是会同环境省建设生态工业园区、通过废弃物再生利用技术的推广和产业化，从而振兴和发展地区产业。
　　在法律制定方面，涉及两个部门的，由两省分别提出草案，再设法合并起来；在涉及具体的项目，如生态工业园（日本称“生态城市”）建设，则由两部门共同批准和推进。日本生态工业园区事业始于1997年，开始由经产省倡导，但由于废弃物循环利用产业发展过程中，越来越离不开环境保护部门的监督管理，而且废弃物（无论是生活垃圾还是产业废弃物）的回收、处置都是环境部门的职责，因此从1997年开始，环境省全面参与生态工业园区建设事业。目前，生态工业园区建设和管理主要由环境省和经产省共同负责，实行双重管理制。环境省负责废弃物的收集、合理处理和设施运行环境管理工作，而经产省主要从促进产业发展方面进行支持，负责如铁、废塑料等再生产品的监督管理工作。总的来说，由于有法律规定了两省的责任，加之两省都有各自的补助经费，因此大体上能在法律和基本计划的框架内各司其职。
中央制定了生态工业园区补偿金制度，由环境省和经产省执行。在现有园区的40个静脉产业设施中，环境省主要资助生态工业园区的软硬件设施建设和科学研究与技术开发；经产省主要资助硬件设施建设，与3R相关技术的研发及生态产品开发等。个别设施项目由两省共同承担。对全国现有20多个个园区的40多个静脉产业企业，经产省给予经费支持的占20％左右，环境省支持的约30％。这几年，随着技术成熟和局面打开，两省支持经费在减少。如经产省由最多时每年均80亿日元，2003年降至15亿日元。此外，对于参与循环型事业的地方政府、非营利组织及居民，由两省共同出资予以补助。由此也可看出，日本经济部门负有对新建企业进行资金援助的主要责任，而环境部门除对入园企业给予一定的经费资助外，在园区环境管理、废弃物回收和处理指导等方面起主要作用。
入园企业的技术水平在同行业中必须具有先进性、领先性，方能取得国家和地方政府的资金援助，国家对入园企业的补助经费，占企业初步建设经费总额的1／2～1／3。各地方政府对入园企业也有少量补贴，但补助金额多少不等。例如，北九州市政府对入园企业的补助费用占企业初建总投资的2.5％。国家和地方政府的补助经费主要用于新建工厂的土地占用、厂房建设及主要设备购置。以北九州生态工业园区为例，该园区目前已投资502亿日元，其中国家投入100亿日元，市政府投入58亿日元，民间投入300亿日元，已建成16家研究设施和21家处理生产厂。